A bélflóra károsodásának okai például az alábbiak lehetnek:
- antibiotikumok fokozott és/vagy indokolatlan használata,
- bakteriális vagy vírusos fertőzések,
- hirtelen váltás bizonyos tisztítószerek, fertőtlenítőszerek használatában,
- klórozott ivóvíz rendszeres fogyasztása,
- növényvédő-szerek és gyomirtók használata, melyek bekerülnek a szervezetünkbe,
- túlzott tisztító kúrák,
- műtétek, sugárterápiás kezelések,
- nehézfémek általi szennyezések az emberi szervezetben,
- mesterséges színezőanyagok, tartósítószerek,
- fokozott szénhidrát fogyasztás.
Fontos tehát, hogy ezeket a károsító, sokszor életvitelünkkel összefüggő körülményeket kerüljük, kiiktassuk, azonban a mindennapjaink során egyértelműen nehézségekbe ütközünk, ha minden a fentiekhez hasonló bélflóra-védelemre vonatkozó szabályt szeretnénk betartani.